تُعد الثآليل الفيروسية مشكلة ذاتية الانتهاء وشائعة خصوصا" لدى الأطفال.
إذا تـُِركت الثآليل الفيروسية بدون علاج فإن حوالي ثلثها سيختفي خلال 6 أشهر وثلثاها خلال سنتين. وعندما يسمع المرضى وعوائهم هذا الكلام فإنهم عادة ما يقررون عدم العلاج وانتظار زوالها تلقائياً . إن أي علاج يعتمد على مكان ونوع الثآليل . ولتلك التي تحتاج العلاج يوجد العديد من الدهانات paints والهلام gel  والعلاج بالتبريد Cryotherapy .
عندما نعالج الثآليل  ينبغي تذكر ما يلي :                                              
–  يستجيب ما يقارب 80 ٪ للدهانات والهلام عندما تُعالج لمائة يوم .
–  أفضل علاج الثآليل المسطحة على الوجه هو تركها بدون علاج.
–  الثآليل التي لا تستجيب للعلاجات الاعتيادية يمكن علاجها بالتبريد.
–  الجراحة بالتبريد Cryosurgery مؤلمة ً ولا يتحملها الأطفال جيداً.
–  عادة تكون الثآليل المُزَيّقة mosaic على الأخمص مقاومة للجراحة بالتبريد.
–  قد يؤدي الكحت الشديد للثآليل إلى حصول ندبة .

 
الثأليل الفيروسية على الأصبع

الثآليل الشائعة Common warts 

تتكاثر الثآليل الشائعة لكنها إذا تركت من غير علاج تختفي بدون إحداث ندبات. هناك من يعتقد بأن علاج البعض من الثآليل قد يحدث استجابة مناعية تؤثر على البقية.
إن الأدوية الحّاله للطبقة القرنية Keratolytics مثل حمض الساليسيلك Salicylic acid والحمض اللبني lactic acid لها مكان في علاج الثآليل. ومن المهم قشر الثآليل قبل علاجها ، كما يجب على المرضى الذين يستخدمون هذه العلاجات إتباع التعليمات المرفقة مع الدواء . إن المشكلة الشائعة هي التهيج والتي تتلاشى إذا أوقف العلاج لعدة أيام. 

الثآليل الأخرى Other warts

ينبغي ترك الثآليل الوجهية بدون علاج أو علاجها بالتبريد . ونادراً ما تستجيب الثآليل المسطحة plane warts لأي علاج . كما يمكن تجريب رتنوئيد موضعي(مشتقات فيتامين أ). ومن الصعب جداً علاج الثآليل المزيقة ، ويمكن استخدام كمادات منقعة في قُلترالدهايد glutraldehyde ، حيثُ تتم حماية الجلد الطبيعي بطبقة من الفازلين بينما تنقع الثآليل المزيقة في محلول قُلترالدهايد 10٪، وهذا يحتاج إلى وقت ورغبة من المريض ، كما يجب إخبار المريض بإمكان حدوث صبغة على الجلد.
إن البودوفيلوم podophyllum ليس أكثر فعالية من حمض الساليسيلك ، وينبغي عدم استخدامه أثناء الحمل وربما يكون من الأفضل تركه لعناية استشاري الجلدية .

العلاج بالتبريد ( Cryotherapy ) :

للجراحة بالتبريد مكانها لكنها قد تسبب الألم والمعاناة وحدوث الندبات . 
يجب عدم التسبب بالألم والمعاناة للأطفال الذين لا يريدون أو لا يحتاجون العلاج بالتبريد إلا لمجرد إرضاء الوالدين.
 يتم تكرار تجميد الثؤلول بواسطة سائل النيتروجين كل 3 أسابيع . وهي عملية غير مريحة لبضعة دقائق وقد تؤدى إلى فقاعات تظهر لعدة أيام . وتحتاج إلى جلسات علاجيه منتظمة . وقد يتسبب التجميد القوى في نقص صبغه الجلد أو ندبة في مكان المعالجة .

العلاج الجراحي الكهربائي :

ويعرف بالكيّ. ويكون تحت تخدير موضعي حيث  يتم كشط الثؤلول وتُحرق قاعدته بواسطة الكيّ أو المعالجة الحرارية . يتم التئام الجرح خلال أسبوعين تقريباً